改訂 独習Pythonバイオ情報解析　生成AI時代に活きるJupyter、NumPy、pandas、Matplotlib、Scanpyの基礎を身につけ、シングルセル、RNA-Seqデータ解析を自分の手で

著:先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

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ポチップ

どんな内容の本か？

年度が変わり、新しい研究室に入ったり、就職した方で「このバイオのデータを解析して」って言われたらどうしますか？
私は今の会社に入った最初、いきなりヒトのとあるテーブルデータを渡されて解析の仕事をすることになり、「困ったぞ」となった記憶があります。
そんな私のような「困ったぞ」となったと思った人にお勧めなのが「独習Pythonバイオ情報解析」で、Pythonを使って特にテーブルデータを扱う人は共通して使える知識が詰まった本になっています。

特に改訂版になってLLMを使った解析の流れの説明や注意点などが増えていて、これから初めて解析をするぞという人は読んでおくとよさそうなことがいろいろ書いてあります。
一方、この本に向かない人はどんな人かというと、テーブルデータではない解析、例えば最近ありそうなのはタンパク質の立体構造系の話などはこの本はあまり参考にならないと思うので別の本を読んだほうが良いかと思います。
例えば最近私もこの辺では以下の本を読んで勉強しています。

どんな人にお勧めか？

今回は以下のような人にお勧めかと思います。

1. Pythonがわからないというプログラム初心者
2. テーブルデータ解析の注意点がわからないという人

この本ではPythonに関して、かなり初級者向けに詳しく紹介してくれています。このため、プログラムが初心者という人が最初に読むにはちょうどよさそうに感じます。また、後半ではsingle cellデータを対象にテーブルデータを解析する上で使いそうな検定の話やクラスタリングの話などが出てきます。このような技術はただ使うのであれば大した知識もなく使えるのですが、結果をちゃんと解釈するとなると、今回のケースで適切な検定方法なのかや、適切なパラメータが使われているのかなど、幅広いことを考える必要があります。
このようなことが今回の本ではちゃんと書いてある印象なので、この辺を詳しくないという人は一度読んでみることをお勧めします。

個人的に良かった点

個人的に良かった点としては以下の点です。

1. 改訂版になってLLMを使った例が最初に入っていて参考になった
2. 忘れがちな解析の注意点を思い出せた

特に良かったのが1が個人的には良かったです。第２章のLLMを使った章を書いた東君のXを時々見て、そんな使い方できるだーというのは飛び飛びで知ってたのですが、今回ちゃんと本にまとめてくれたおかげで、理解しやすかった印象です。
また、後半の検定やクラスタリングなど私自身最近使ってないので、忘れてたことが多かったのですが、そういえばこういう注意点があったということが思い出せたので良かったです。

終わりに

今回は「改訂独習Pythonバイオ情報解析」が出たので紹介の記事を書きました。バイオインフォマティクス周りは変化が激しく、古い本では知識が古くて使い物にならないケースもあるのですが、今回のように改訂版がでて、ちゃんと新しい知識が増えた本がでて非常にうれしく思います。
定期的にこのように本の紹介記事を書いてます。もし興味があれば他の本の記事も見ていただければ幸いです。

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AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド〜今日からできる！構造データの基本操作から相互作用の推定、タンパク質デザインまで (実験医学別冊　最強のステップUPシリーズ)

羊土社

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ポチップ

どんな内容の本か？

みなさん、「構造バイオインフォマティクス」を勉強しようと思って挫折した経験はないでしょうか？私は何度もあります。
私自身、元々バイオインフォマティクスをやってた人間なこともあり、「構造バイオインフォマティクス」は一度はちゃんと勉強したいと常々思っています。
ただ、構造バイオインフォマティクスは分野としては幅広く、またAlphaFoldが出たおかげで急速に分野が発展している印象もあり、勉強するといっても何から手をつけていいのかよくわからないと思っていました。

そこに出たのがこの「AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド」です。この本は構造バイオインフォマティクスと聞いて思い浮かべる内容が網羅されているだけでなく、各タスクにおいて有名なツールや出てきた結果について具体的に教えてくれる本となっています。
なので、手を動かして「構造バイオインフォマティクス」を勉強したいと思ったら、今なら一番良い本だと思っています。

どんな人にお勧めか？

個人的には以下のような人におすすめかと思います。

1. 独学で手を動かしながら構造バイオインフォマティクスを勉強したい人
2. 構造バイオインフォマティクスがどういうことをやる分野なのか知りたい人

特に私のような１の人は特にお勧めかと思います。多くの章で有名なツールとそのツールの具体的な実行方法が載っているので、自分でも試したい！と思ったら試せるようになっているので非常に良かったです。

また、昨年AlphaFoldがノーベル賞を取ったこともあり、この辺の分野知りたいと思っている人もいるかと思います。その際、手っ取り早く網羅的にこの辺の分野を知りたいのであればこの本をパラ読みするのが今はちょうどよいかもと思っています。

個人的に良かった点

個人的に良かった点は以下のところです。

1. 各ツールの使い方が結構細かく書いてある
2. 各ツールの結果として、メトリックの説明と解釈についていろいろ書いてある

今まで構造バイオインフォマティクスについて勉強したいと思った際、ツールの使い方がよくわからない、または出てきた結果をどう解釈していいのかわからないという状況になりました。この結果、仕事の片手間に勉強するのは難しく何度も挫折してきました。このため、1や2が詳しく書いてある本があればと思っていたので、この本は非常に良い本だと思い、今年こそ頑張れそうな気がしています。

終わりに

今日は「AlphaFold時代の構造バイオインフォマティクス実践ガイド　今日からできる！構造データの基本操作から相互作用の推定、タンパク質デザインまで」を読んで非常によかったので紹介記事を書きました。
定期的にこのように本の紹介記事を書いてます。もし興味があれば他の本の記事も見ていただければ幸いです。

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