3月 18, 2023 / 最終更新日時 : 3月 18, 2023 Shuji Suzuki (shu) プログラミング PyTorch 2.0の新機能「torch.compile」使ってみた 今回は3/16についに出たPyTorch 2.0の目玉機能である「torch.comple」について実際に動かしてみて計算時間を測定してみたので、そのまとめになります。 時間計測の部分で測定に使ったコードはここにあげてあ […]
2月 19, 2023 / 最終更新日時 : 2月 19, 2023 Shuji Suzuki (shu) プログラミング CUDAの高速化の復習2023年版 Histogram（主にatomicAdd）編 Reduction、vectrized memory accessに続き、今回はhistogramを題材にして主にatomicAddのパフォーマンスが最近どうなっているのかを見ていきたいと思います。 Histogramは […]
2月 14, 2023 / 最終更新日時 : 2月 18, 2023 Shuji Suzuki (shu) プログラミング CUDAの高速化の復習2023年版 Vectorized Memory Access編 前回Reductionを例に今時のCUDAの高速化で何が効いているのか？を確認したまとめの記事を書きました。今回はその中には登場しなかったCUDAの高速化テクニックの「Vectorized Memory Access」が […]
1月 29, 2023 / 最終更新日時 : 1月 29, 2023 Shuji Suzuki (shu) プログラミング CUDAの高速化の復習2023年版 Reduction編 今回は最近のCUDA Samplesのコードを参考にCUDAでreductionを速くするテクニックのまとめになります。 私はCUDAを2009年のころから研究で使っていました。当時は頑張って勉強していたので自分の研究分 […]
12月 30, 2022 / 最終更新日時 : 12月 30, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング 生まれたばかりの息子をもっと理解したいので育児記録アプリの「ぴよログ」の記録を解析する(ファイル読み込み編) Twitterで報告しましたが、11月に息子が生まれました。そして、ちょうど今週、妻が里帰りから帰ってきました。なので、ついに私も本格的に育児を開始したのですが、我が息子ながら何がどうなっているのか何もわからん！というこ […]
12月 20, 2022 / 最終更新日時 : 12月 20, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング Visual Studio Codeを使ってCUDAのコードを書く はじめに 最近、久しぶりにCUDAでコードを書きそうな状況になってきました。このため、ここ数日CUDAの開発環境の準備をしているところです。その際、周りの人が結構Visual Studio Code (VSCode) を […]
11月 19, 2022 / 最終更新日時 : 12月 20, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング Kaggleの「Open Problems – Multimodal Single-Cell Integration」の振り返り 今回は2022/11/15 (日本時間の2022/11/16の朝)まで行われていた「Open Problems – Multimodal Single-Cell Integration」に参加した際、どうして […]
5月 23, 2022 / 最終更新日時 : 5月 23, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング PyTorch Geometricを使ってVariational Graph Auto-Encodersを作って学習してみる はじめに 最近読んだ論文にVariational Graph Auto-Encoders (VGAE) を使ったモデルがあったので、自分でもやってみようと思い、作ってみました。本日はそのまとめになります。 本日紹介する使 […]
5月 7, 2022 / 最終更新日時 : 5月 7, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング UniProtのWeb APIを使ってほしい遺伝子のタンパク質配列を取ってくる はじめに UniProtで検索した配列がほしくなることが度々あるのですが、数が多いとブラウザで検索して配列をコピペするというのが面倒になってきます。このため、UniProtのWeb APIを使ってまとめて取ってくる方法を […]
5月 6, 2022 / 最終更新日時 : 5月 6, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング ReactomeからPathwayの階層構造とPathwayに関連するGeneのデータを取得する はじめに だいぶ前ですが以下の論文を読み、ReactomeからどのようにしてPathwayデータを取得するのか？というのが気になっていました。 Elmarakeby, H.A., Hwang, J., Arafeh, R […]
