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11月 19, 2022 / 最終更新日時 : 12月 20, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング

Kaggleの「Open Problems – Multimodal Single-Cell Integration」の振り返り

今回は2022/11/15 (日本時間の2022/11/16の朝)まで行われていた「Open Problems – Multimodal Single-Cell Integration」に参加した際、どうして […]

5月 7, 2022 / 最終更新日時 : 5月 7, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング

UniProtのWeb APIを使ってほしい遺伝子のタンパク質配列を取ってくる

はじめに UniProtで検索した配列がほしくなることが度々あるのですが、数が多いとブラウザで検索して配列をコピペするというのが面倒になってきます。このため、UniProtのWeb APIを使ってまとめて取ってくる方法を […]

5月 6, 2022 / 最終更新日時 : 5月 6, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング

ReactomeからPathwayの階層構造とPathwayに関連するGeneのデータを取得する

はじめに だいぶ前ですが以下の論文を読み、ReactomeからどのようにしてPathwayデータを取得するのか?というのが気になっていました。 Elmarakeby, H.A., Hwang, J., Arafeh, R […]

11月 8, 2021 / 最終更新日時 : 11月 8, 2021 Shuji Suzuki (shu) プログラミング

JAXによる微分可能Smith Watermanアルゴリズムのパフォーマンス測定

最近微分可能な Smith Waterman アルゴリズムというものとJAXのコードが公開されました。今回はこれらを参考に、JAXの勉強がてら何パターンかSmith Watermanアルゴリズムを実装して測定してみたので […]

Shuji Suzuki (shu)

shuji-suzuki

バイオインフォとHPCっぽいことを研究してる企業研究者。主に調べたり勉強したりしたことのまとめを書いてます。

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LangChainのContextual Compressionのいくつかの機能がどのように実現されているかを確認してみた

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[書評] 機械学習エンジニアのためのTransformers ー 自然言語のTransformerについてより知りたい人向けな一冊

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プログラミング

LLMに表データの解析を手伝ってもらえるLangChainのPandas Dataframe Agentの中身がどうなっているのか調べた

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[書評] エフォートレス思考 ー 毎日が忙しすぎて辛いと思ったら読む一冊

4月 24, 2023
プログラミング

LangChainのSummarizationについて調べたまとめ

4月 21, 2023

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