5月 7, 2022 / 最終更新日時 : 5月 7, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング UniProtのWeb APIを使ってほしい遺伝子のタンパク質配列を取ってくる はじめに UniProtで検索した配列がほしくなることが度々あるのですが、数が多いとブラウザで検索して配列をコピペするというのが面倒になってきます。このため、UniProtのWeb APIを使ってまとめて取ってくる方法を […]
5月 6, 2022 / 最終更新日時 : 5月 6, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング ReactomeからPathwayの階層構造とPathwayに関連するGeneのデータを取得する はじめに だいぶ前ですが以下の論文を読み、ReactomeからどのようにしてPathwayデータを取得するのか？というのが気になっていました。 Elmarakeby, H.A., Hwang, J., Arafeh, R […]
11月 8, 2021 / 最終更新日時 : 11月 8, 2021 Shuji Suzuki (shu) プログラミング JAXによる微分可能Smith Watermanアルゴリズムのパフォーマンス測定 最近微分可能な Smith Waterman アルゴリズムというものとJAXのコードが公開されました。今回はこれらを参考に、JAXの勉強がてら何パターンかSmith Watermanアルゴリズムを実装して測定してみたので […]
