5月 7, 2022 / 最終更新日時 : 5月 7, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング UniProtのWeb APIを使ってほしい遺伝子のタンパク質配列を取ってくる はじめに UniProtで検索した配列がほしくなることが度々あるのですが、数が多いとブラウザで検索して配列をコピペするというのが面倒になってきます。このため、UniProtのWeb APIを使ってまとめて取ってくる方法を […]
5月 6, 2022 / 最終更新日時 : 5月 6, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング ReactomeからPathwayの階層構造とPathwayに関連するGeneのデータを取得する はじめに だいぶ前ですが以下の論文を読み、ReactomeからどのようにしてPathwayデータを取得するのか？というのが気になっていました。 Elmarakeby, H.A., Hwang, J., Arafeh, R […]
4月 4, 2022 / 最終更新日時 : 4月 4, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング [勉強ノート] 「線形計算の数理」 7.7.1 Arnoldi法 前回に引き続き線形計算の数理の固有値問題で紹介されていたアルゴリズムについての解説になります。今日はその中のArnoldi法についての説明です。 このArnoldi法をはじめとしたRayleigh-Ritzの技法ベースの […]
3月 29, 2022 / 最終更新日時 : 3月 29, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング [勉強ノート] 「線形計算の数理」7.4 QR法 今日の記事は前回に引き続き「線形計算の数理」の固有値問題パートの内容です。今回は7.4 「QR法」についてアルゴリズムの概要となぜそれがうまくいくのか？、Pythonによる実装の3つについて説明していきます。 pytho […]
3月 28, 2022 / 最終更新日時 : 3月 29, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング [勉強ノート] 「線形計算の数理」7.3 同時反復法 今日の記事では「線形計算の数理」の7.3で紹介されている固有値問題のアルゴリズムの同時反復法についてのアルゴリズムの説明と固有ベクトル、固有値に収束することの証明を説明します。 個人的には初見で全然収束の証明の意味がわか […]
3月 24, 2022 / 最終更新日時 : 3月 27, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング [勉強ノート] 「線形計算の数理」 7.2.1 べき乗法 基本形 今日の記事では「線形計算の数理」の7.2.1で紹介されているべき乗法について解説とPythonによる実装を紹介します。基本的には自分があとで見返したときに納得できるように説明を書いたので、かなり基本的なところから書いてあ […]
11月 17, 2021 / 最終更新日時 : 11月 17, 2021 Shuji Suzuki (shu) プログラミング JAXとPyTorch、どっちが速いのか検証してみた 高速化が趣味＆仕事なので、最近よく目にするJAXの速度が気になってました。このため、今回は日ごろ使っているPyTorchと比較したので、その結果のまとめを紹介します。 結論 結果だけ知りたい方が多いだろうと思ったので先に […]
11月 8, 2021 / 最終更新日時 : 11月 8, 2021 Shuji Suzuki (shu) プログラミング JAXによる微分可能Smith Watermanアルゴリズムのパフォーマンス測定 最近微分可能な Smith Waterman アルゴリズムというものとJAXのコードが公開されました。今回はこれらを参考に、JAXの勉強がてら何パターンかSmith Watermanアルゴリズムを実装して測定してみたので […]
10月 23, 2021 / 最終更新日時 : 10月 23, 2021 Shuji Suzuki (shu) プログラミング PyTorch 1.10の新機能「CUDA Graphs」のパフォーマンスを測定してみる はじめに 10/21にPyTorch 1.10がリリースされ、今回も面白そうな機能が追加されました。個人的には楽しみにしていた「CUDA Graphs」のAPIのベータ版が追加されたということで早速試してみました。今回は […]
5月 10, 2021 / 最終更新日時 : 5月 10, 2021 Shuji Suzuki (shu) プログラミング PyTorchのPERFORMANCE TUNING GUIDEの効果を確認してみる その2 「Fuse pointwise operations」 PyTorchには「PERFORMANCE TUNING GUIDE」という学習を速くするためのテクニック集があります。このドキュメントでは個々のテクニックでどれくらい速くなるか具体的な数値が示されていないので、それを確 […]
