1月 29, 2023 / 最終更新日時 : 1月 29, 2023 Shuji Suzuki (shu) プログラミング CUDAの高速化の復習2023年版 Reduction編 今回は最近のCUDA Samplesのコードを参考にCUDAでreductionを速くするテクニックのまとめになります。 私はCUDAを2009年のころから研究で使っていました。当時は頑張って勉強していたので自分の研究分 […]
12月 30, 2022 / 最終更新日時 : 12月 30, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング 生まれたばかりの息子をもっと理解したいので育児記録アプリの「ぴよログ」の記録を解析する(ファイル読み込み編) Twitterで報告しましたが、11月に息子が生まれました。そして、ちょうど今週、妻が里帰りから帰ってきました。なので、ついに私も本格的に育児を開始したのですが、我が息子ながら何がどうなっているのか何もわからん！というこ […]
12月 20, 2022 / 最終更新日時 : 12月 20, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング Visual Studio Codeを使ってCUDAのコードを書く はじめに 最近、久しぶりにCUDAでコードを書きそうな状況になってきました。このため、ここ数日CUDAの開発環境の準備をしているところです。その際、周りの人が結構Visual Studio Code (VSCode) を […]
11月 19, 2022 / 最終更新日時 : 12月 20, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング Kaggleの「Open Problems – Multimodal Single-Cell Integration」の振り返り 今回は2022/11/15 (日本時間の2022/11/16の朝)まで行われていた「Open Problems – Multimodal Single-Cell Integration」に参加した際、どうして […]
5月 23, 2022 / 最終更新日時 : 5月 23, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング PyTorch Geometricを使ってVariational Graph Auto-Encodersを作って学習してみる はじめに 最近読んだ論文にVariational Graph Auto-Encoders (VGAE) を使ったモデルがあったので、自分でもやってみようと思い、作ってみました。本日はそのまとめになります。 本日紹介する使 […]
5月 7, 2022 / 最終更新日時 : 5月 7, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング UniProtのWeb APIを使ってほしい遺伝子のタンパク質配列を取ってくる はじめに UniProtで検索した配列がほしくなることが度々あるのですが、数が多いとブラウザで検索して配列をコピペするというのが面倒になってきます。このため、UniProtのWeb APIを使ってまとめて取ってくる方法を […]
5月 6, 2022 / 最終更新日時 : 5月 6, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング ReactomeからPathwayの階層構造とPathwayに関連するGeneのデータを取得する はじめに だいぶ前ですが以下の論文を読み、ReactomeからどのようにしてPathwayデータを取得するのか？というのが気になっていました。 Elmarakeby, H.A., Hwang, J., Arafeh, R […]
4月 4, 2022 / 最終更新日時 : 4月 4, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング [勉強ノート] 「線形計算の数理」 7.7.1 Arnoldi法 前回に引き続き線形計算の数理の固有値問題で紹介されていたアルゴリズムについての解説になります。今日はその中のArnoldi法についての説明です。 このArnoldi法をはじめとしたRayleigh-Ritzの技法ベースの […]
3月 29, 2022 / 最終更新日時 : 3月 29, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング [勉強ノート] 「線形計算の数理」7.4 QR法 今日の記事は前回に引き続き「線形計算の数理」の固有値問題パートの内容です。今回は7.4 「QR法」についてアルゴリズムの概要となぜそれがうまくいくのか？、Pythonによる実装の3つについて説明していきます。 pytho […]
3月 28, 2022 / 最終更新日時 : 3月 29, 2022 Shuji Suzuki (shu) プログラミング [勉強ノート] 「線形計算の数理」7.3 同時反復法 今日の記事では「線形計算の数理」の7.3で紹介されている固有値問題のアルゴリズムの同時反復法についてのアルゴリズムの説明と固有ベクトル、固有値に収束することの証明を説明します。 個人的には初見で全然収束の証明の意味がわか […]
